Hægt er að flokka skurðstofur í eftirfarandi fimm flokka eftir því hversu ófrjósemis- eða ó-ófrjósemisstig er í aðgerð:
(1) Aðgerðarstofur í flokki I: Þetta eru dauðhreinsaðar, hreinar skurðstofur sem aðallega eru notaðar fyrir skurðaðgerðir sem taka þátt í heila-, hjarta- og líffæraígræðslu.
(2) Class II skurðstofur: Þetta eru dauðhreinsaðar skurðstofur sem aðallega eru notaðar við miltanám, opna minnkun og endurstillingu lokaðra beinbrota, augnskurðaðgerðir og brottnám skjaldkirtils.
(3) skurðstofur í flokki III: Þetta eru dauðhreinsaðar skurðstofur sem notaðar eru við skurðaðgerðir á maga, gallblöðru, lifur, botnlanga, nýru og lungum.
(4) Class IV skurðstofur: Þetta eru sýktar skurðstofur sem aðallega eru notaðar fyrir skurðaðgerðir sem fela í sér götótta botnlangahimnubólgu, berklaígerð og ígerðaskurð og frárennsli.
(5) skurðstofur í V flokki: Þetta eru sérstakar sýkingarstofur sem aðallega eru notaðar fyrir skurðaðgerðir sem fela í sér sýkingar eins og Pseudomonas aeruginosa, Bacillus gas gangrene og Clostridium tetani.
Hægt er að flokka skurðstofur eftir mismunandi sérgreinum, svo sem almennum skurðlækningum, bæklunarlækningum, fæðingar- og kvensjúkdómum, taugaskurðlækningum, hjarta- og brjóstholsskurðaðgerðum, þvagfæraskurðlækningum, brunaaðgerðum og háls- og eyrnalækningum. Þar sem skurðaðgerðir í hverri sérgrein krefjast oft sérhæfðs búnaðar og tækja, ættu skurðstofur fyrir þessar sérgreinar helst að vera tiltölulega fastar.